每年政府採購之疫苗皆符合我國衛生福利部食品藥物管理署查驗登記規定，且經其核准使用/進口，安全無虞；疫苗與其他任何藥品一樣有可能造成副作用，包括接種後可能會有注射部位疼痛、紅腫，少數的人則會有全身性的輕微反應，如：發燒、頭痛、肌肉酸痛、噁心、皮膚搔癢、蕁麻疹或紅疹等，ㄧ般會在發生後1-2天內自然恢復。嚴重的副作用，如立即型過敏反應，甚至過敏性休克等不適情況（臨床表現包括呼吸困難、聲音沙啞、氣喘、眼睛或嘴唇腫脹、頭昏、心跳加速等），發生機率非常低，若不幸發生，通常於接種後幾分鐘至幾小時內即出現症狀。其他曾被零星報告過之不良事件包括神經系統症狀（如：臂神經叢炎、顏面神經麻痺、熱痙攣、腦脊髓炎、以對稱性神經麻痺為表現的Guillain-Barré症候群等）和血液系統症狀（如：暫時性血小板低下，臨床表現包括皮膚出現紫斑或出血點、出血時不易止血等）。除了1976年豬流感疫苗、2009年H1N1新型流感疫苗與部分季節性流感疫苗經流行病學研究證實與Guillain-Barré症候群可能相關外，少有確切統計數據證明其他不良事件與接種流感疫苗有關。