普通感冒的致病原是多達數百種不同的病毒，流感則是由流感病毒引起的急性呼吸道傳染病，兩者並不相同，因此流感疫苗並不能預防感冒；流感疫苗所包含之病毒株僅包含目前最常流行之病毒型別，加以病毒易突變特性，故於接種流感疫苗後，仍有可能感染其他型別流感。另外，個人接種流感疫苗後產生之保護效果亦有個別差異，故少數人也有可能在保護力不足的情形下感染流感。